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Im Dollhouse herrscht das pure Chaos. Sanitäter kümmern sich um den verletzten Viktor und Adelle erfährt, dass Alpha Echo mit sich genommen hat. Topher erklärt, dass er Echo mit einer Persönlichkeit programmiert hat, die er nicht zurückverfolgen kann, Alpha hat das entsprechende Signal geblockt. Auch über GPS ist Echo nicht mehr aufzufinden, der entsprechende Chip wurde entfernt und liegt noch im Labor.
Topher hat somit keine Chance, sie oder ihre Körperfunktionen/-werte zu überwachen. Adelle befiehlt, dass Topher sich auf die Suche nach Anzeichen macht.
Währenddessen sind Echo und Alpha mit einem Auto unterwegs. Sie unterhalten sich darüber, wie sie sich kennen gelernt haben. Dabei scheint es, als würde Alpha mit sich selber diskutieren bzw. mit einem anderen Teil von sich, der ihm widerspricht. Dabei sagt er, dass er nicht nur Bobby ist. Kurz darauf sieht man, dass auf der Rückbank eine gefesselte und geknebelte Frau liegt, die angstvoll zu den beiden anderen schaut.
Einige Jahre zuvor:
Ein Van mit Händler fährt durch die Nacht. Eine der beiden Händler, die sich darin befinden, telefoniert mit Adelle. Es geht darum, dass der Van zwei Dolls und einen Kontaktmann verfolgt. Einer der Händler sagt daraufhin, dass Alpha sie entdeckt habe und wusste, dass er verfolgt wird.
In einem Raum ist ein junger Mann an einen Stuhl gefesselt. Er sieht aus, als wäre er geschlagen und misshandelt worden. Alpha fragte ihn, für wen er arbeitet und wer sich in dem Van befunden hat. Der junge Mann antwortet, dass er keinen Van gesehen habe. Seine Stimme ist angsterfüllt. Alpha ist mit der Antwort nicht einverstanden und gießt Alkohol über die offenen Wunden des Mannes.
Er glaubt ihm nicht, bedroht ihn dann mit einem Messer, woraufhin das Opfer sagt, dass es kompliziert sei. Alpha fordert ihn auf, es zu erklären. Als der Mann jedoch sagt, dass weder Alpha noch seine Freundin echt sind, schlägt die Doll zu. Unter Tränen erzählt der Mann, dass er die beiden bestellt habe und dass sie deshalb die sind, die sie sind.

Alpha glaubt ihm (natürlich) nicht und ruft seine Freundin zu sich, die bisher nur im Gegenlicht beim Tanzen zu sehen war… es ist Dr. Sauders! Sie tanzt mit Alpha und dem Opfer, das weiterhin um sein Leben bangt.
Doch dann wird das Tor zu dem Raum aufgeschossen und mehreren Männern stürzen hinein. Alpha wirft sich ihnen entgegen, kann aber festgehalten werden. Eine der beiden Händler aus dem Van stößt hinzu und spricht Dr. Saunders mit dem Namen "Whisky" an, fragt, ob sie eine Behandlung möchte, was sie bejaht. Sie wird zusammen mit Alpha, der eine Beruhigungsspritze bekommen hat, abgeführt.
Im Dollhouse sitzt Agent Ballard gefesselt in Adelles Büro, als diese zusammen mit Boyd hinein kommt. Er erkundigt sich nach Stephen, woraufhin Adelle ihm die Wahrheit über Alpha erzählt. Er war bis zum letzten Jahr eine Doll, die Alpha genannt wurde. Der echte Stephen Kepler, für den Alpha sich bei Ballard ausgegeben hat, wurde getötet.
Adelle zeigt Ballard Fotos von anderen Opfern Alphas und bezeichnet ihn als "unvorhergesehene technologische Anomalität". Ballard ist geschockt, doch Adelle sagt, dass er derjenige war, der ihn ins Dollhouse gebracht hat und es möglich gemacht hat, dass er Echo mitgenommen hat, die Ballard wohl eher als Caroline kennt.
Ballard sagt, dass er gehen wird, doch Adelle glaubt nicht, dass er es schafft. In diesem Moment klingelt Boyds Telefon. Anscheinend ist das Haus mit Polizisten umstellt, da es eine Terrormeldung gab. Ballard schaut ebenfalls auf die Überwachungsbilder, sieht einen der Ermittler und sagt, er könne sich darum kümmern, dass die Polizisten abziehen.
Er verlässt das Gebäude durch die Vordertür, tritt auf den leitenden Ermittler zu und sagt, dass sie beobachtet werden. Es gäbe keine Bombe, es war ein schlechter Scherz. Aber das Dollhouse sei echt und er könne ihn hinführen. Der Ermittler lässt seine Leute abziehen, sagt Ballard aber, dass er denkt, dass ER den falschen Alarm ausgelöst hat. Er glaubt ihm nicht, lässt ihn aber gehen.
Die Szene wurde von Adelle und Boyd im Büro beobachtet. Da kommt Topher rein und sagt, er habe (schlechte) Neuigkeiten. Er konnte die programmierte Persönlichkeit noch nicht herausfinden, aber feststellen, dass alle auf Echos jemals programmierten Sachen weg sind; Original und Sicherungskopie. Adelle und Boyd sind sprachlos. Was sollte Alpha damit wollen?
Die Antwort ergibt sich sofort; denn Alpha hat in einem geheimen Versteck ein Labor errichtet – inklusive Programmierungsstuhl. Dorthin bringt er Echo und die Frau, von der sie das Auto gestohlen haben.
Im Dollhouse kümmert sich Dr. Saunders um die Wunden in Viktors Gesicht. Viktor sagt, dass er jetzt nicht mehr sein Bestes geben/sein kann. Er fragt die Ärztin, wie er das machen soll. Sie reagiert etwas harsch und sagt schroff, dass er nie wieder sein Bestes geben kann. Das sei vorbei. Er sei hässlich und abstoßend jetzt.
Alles, was er noch bekommen könnte, sei Mitleid. Und dafür müsse er woanders schauen, nicht bei ihr. Viktor ist sichtlich geschockt.
Rückblende:
Die Händlerin von Whisky bringt die Doll zu Dr. Saunders, einem etwas älteren Mann. Er bittet Whisky einen Lolli an und untersucht dann ihre Wunden vom Auftrag mit Alpha. Diese liegt vor dem Arztzimmer auf einer Liege und wird gerade massiert als Adelle mit einem neuen Interessenten durch die Bereiche des Dollhouses geht – Caroline.
Alpha beobachtet die beiden ganz genau dabei. Caroline sagt, dass die Dolls wie Zombies seien. Adelle erklärt ihr daraufhin das System des Engagements. Wieder laufen sie an Alpha vorbei, der Gefallen an Caroline zu haben scheint. Er beobachtet die junge Frau weiterhin mit wachen Augen.
Agent Ballard bekommt das erste Mal den Stuhl zu Gesicht. Er macht böse Kommentare darüber, was Topher kränkt. Er fragt, warum ein anderer verurteilender Mann außer Boyd sich in seinem Labor aufhält. Adelle macht jedoch klar, dass Ballard ihnen helfen kann, Alpha und Echo zu finden und er mit ihm zusammenarbeiten soll. In diesem Moment kommen einige Dolls in den Raum, unter anderem November/Mellie, was Ballard verunsichert.
Im "Labor" von Alpha hat dieser die entführte Frau – Wendy – auf seinen Programmierungsstuhl gesetzt und einige Elektroden an ihrem Kopf befestigt. Echo schaut ihm dabei zu und fragt, was genau er da eigentlich tut. Alpha sagt, dass er sie löschen wird, was Echo nicht ganz versteht. Alpha versucht, es ihr genauer zu erklären, doch in einem Ton, der sie zum Schmollen veranlasst.
Durch ein paar Komplimente, beruhigt sie sich jedoch wieder und während die Frau auf dem Stuhl elektrisiert wird, küssen sie sich leidenschaftlich.
Rückblende:
Caroline ist mittlerweile Echo. Alpha wartet auf sie und sagt ihr, dass er sie besonders findet. Dann küsst er sie, was einer der Händler mitbekommt. Er schickt Echo zu Topher und hält Alpha eine kleine Standpauke, lässt ihn aber wieder gehen…

Topher hat angefangen, die Dolls in den Stuhl zu setzen. Boyd sagt, der Wissenschaftler sage immer, die Programmierung sei wie eine Neugeburt, er sehe es aber eher als Tod. Ballard beobachtet die Prozedur skeptisch. Da tritt Sierra an ihn heran und sagt, dass jemand sterben wird, wenn ihre Partnerin (November) nicht bald aus dem Stuhl kommt. Sie flirtet Ballard an, der jedoch ablehnend reagiert. Da ist November fertig und zieht ihre Freundin ab.
Alpha hat die Programmierung der Frau abgeschlossen und hat dabei wieder eine Konversation mit sich selber.
Im Labor des Dollhouses erklärt Topher Ballard das System der Programmierung genauer. Der Agent versucht, den Vorfall etwas genauer zu beleuchten und zu verstehen. Topher erzählt, wie der Angriff von Alpha damals abgelaufen ist und auf wen die Doll es abgesehen hatte. Was Ballard aber interessiert, ist nicht die Affekthandlung, sondern das, was er tat, nachdem er sich den Weg frei gekämpft hatte.
Tophers Antwort: sich selbst. Alpha sei ins Labor gekommen und hat dort seine eigene gespeicherte Persönlichkeit zerstört. Genauso hat er es diesmal mit dem Back-Up von Carolines Persönlichkeit gemacht. Das Original ist mit Alpha verschwunden.
Und sitzt nun im Körper von Wendy. Als sie ihren Körper entdeckt, ist sie sehr verwirrt und fragt, was passiert ist. Echo ist allerdings genauso verwirrt und versteht nichts von dem, was Alpha sagt. Alpha erklärt, dass Echo sich selbst allein gelassen hat, nur weil ihr Leben etwas aus dem Gleichgewicht geraten ist.
Alpha versucht wieder klar zu machen, dass Wendy Caroline ist. Echo ist jedoch immer noch verwirrt, noch mehr, als Alpha sagt, dass sie nicht so sein muss…
Rückblende:
Alpha, Echo und Whisky sitzen gemeinsam im Dollhouse und beschneiden kleine Bäume. Da kommt Whiskys Händlerin und will sie zu einem Auftrag abholen. Sie unterhält sich mit der Aufseherin und dabei fällt der Satz, dass Whisky die Nummer 1 ist und sehr gerne gewählt wird. Dies bekommt Alpha mit, geht zu Whisky hinüber und sagt: "Lass Echo Nummer 1 sein." Dann zerschneidet er ihr das Gesicht mit einem Skalpell, kann jedoch aufgehalten werden, ehe er sie töten.
Mit Gewalt wird er in den Stuhl gebracht. Topher kann sich nicht erklären, wie es passiert ist. Adelle befielt, die Doll zu löschen und dann "aus dem Programm zu nehmen". Alpha beruhigt sich wieder und kommt langsam zur Ruhe. Als Topher jedoch mit der Programmierung anfangen will, befreit die Doll sich und töten erst seinen Händler und dann Dr. Saunders.
Ballard besteht darauf, zu erfahren, wer Alpha war, bevor er sich ins Dollhouse eingeschrieben hat. Adelle wehrt sich dagegen, doch Boyd unterstützt Ballard, da es immerhin seine eigene Persönlichkeit war, die Alpha als erstes zerstört hat.
Mittlerweile hat Alpha Echo in seinen Stuhl gesetzt. Wendy sitzt gefesselt daneben und versucht, die Doll davon abzuhalten, sich programmieren zu lassen. Doch sie sagt, dass Alpha sie zu einer besseren Person machen wird. Sie vertraut Alpha anscheinend blind. Er startet den Vorgang mit den Worten: "Alpha… triff Omega!"
Echo durchlebt nochmal alle ihre Rollen und wacht dann wieder auf. Sie nimmt sich eine Waffe, doch sie schlägt nicht auf Wendy ein, sondern auf Alpha.
Im Dollhouse wurde die Akte von Alpha gefunden. Adelle erklärt, dass zu Anfang des Programms Insassen eines Gefängnisses benutzt wurden – so einer war auch Alpha, bürgerlicher Name: Karl William Craft. Er saß wegen Kidnapping und versuchten Totschlags im Gefängnis, hat aber laut Adelle nie jemanden umgebracht. Aber auch nur, weil seine Opfer ihm entkommen sind. Ballard und Boyd machen sich auf den Weg zu einem eben dieser.
Die Programmierung von Echo hat dazu geführt, dass sie nicht mehr nur eine, sondern 38 verschiedene Persönlichkeiten in sich hat. Und zwar alle gleichzeitig. Sie ist davon allerdings nicht so sehr begeistert wie Alpha, womit sie auch ihren Angriff auf ihn erklärt. Sie sagt, dass sie zwar mehrere Persönlichkeiten hat, aber keine davon wirklich sie ist… denn sie ist in Wendy.
Und genau diese fragt sie nun, warum sie sich von ihr losgesagt hat. Allerdings kommt Wendy nur dazu, zu sagen "es ist kompliziert", dann wird Echo von Alpha angegriffen.
Boyd und Ballard suchen das bekannte Opfer auf. Die junge Frau ist natürlich reichlich geschockt, als Alphas Name fällt, erklärt sich aber bereit, mit den Agenten zu reden, nur nicht in ihrer Wohnung. Also warten die beiden am Fahrstuhl auf sie. Als sie aus dem Fahrstuhl tritt, wird klar, dass Alpha mit ihr zu tun hatte; zwei große Narben zieren ihr Gesicht.
Der Kampf zwischen Echo und Alpha ist immer noch im Gange. Es scheint jedoch, dass Echo wesentlich stärker ist als ihr Gegner. Sie sagt, dass sie zwar nicht wisse, wer sie ist, aber sie wisse auf jeden Fall, wer sie nicht ist: seine Freundin. Damit schlägt sie ihn k.o. und befreit Wendy von ihren Fesseln. Als diese sie fragt, wer sie sei, antwortet sie "Echo".
Wendy/Caroline verlangt, dass Echo sie wieder aus Wendys Körper heraus nimmt, Wendy solle zurück kehren. Sie sagt, dass sie zurück auf die Festplatte möchte, woraufhin Echo sie fragte, ob sie nicht wieder nach Hause kommen wolle. Doch Caroline erwidert, dass sie einen Vertrag unterschrieben hat. Also willigt Caroline ein. Doch dann wird sie von einer Pistole getroffen, die Kugel zerfetzt ihren Hals. Es war Alpha.

Im Labor des Dollhouses versucht Topher immer noch heraus zu finden, mit welcher Persönlichkeit Alpha Echo programmiert hat. Da klingelt sein Telefon, es ist Boyd. Er fragt den Wissenschaftler, ob Alpha jemals einen Auftrag, der ihn nach Pedro gebracht hat. Dort hat er als "normaler" Mensch die junge Frau entführt und sie gefangen gehalten.
Topher erinnert sich an den Auftrag, den Alpha zusammen mit Whisky absolviert hat (die Rückblende am Anfang der Folge). Einem Gedankenblitz folgend, testet Topher, ob die Programmierung von Whisky in der letzten Zeit benutzt wurde; und er hat Echos Programmierung.
Alpha zwingt Echo in den Stuhl, er will sie auslöschen und töten. Echo erinnert sich an den Vorfall mit Whisky und findet ihren Mut wieder. Sie macht klar, dass sie keine Angst vor ihm hat, auch nicht, als er droht, Carolines Programmtafel zu zerstören. Alpha schießt auf Echo und flüchtet, sie folgt ihm jedoch auf das Dach des Gebäudes.
Boyd und Ballard erreichen das Gelände und finden dort das geklaute Auto. Sie wollen in das Gebäude eindringen, werden jedoch von Alpha beschossen. Dieser wirft kurz darauf Carolines Programmiertafel weg. Echo macht sich auf, sie zu retten, bevor sie zerstört wird. Sie rutscht ihr jedoch weg und fällt in Richtung Boden. Kurz vor dem Aufprall kann Ballard sie fangen.
Im Dollhouse ist Dr. Saunders in Tophers Labor eingebrochen und hat bei der Suche im Computer heraus gefunden, dass sie Whisky ist. Sie ist keine richtige Ärztin, nur eine Doll. Sie ist sichtlich verletzt/verstört/traurig. Sie hat die Datei allerdings nicht geöffnet. Topher fragt sie, ob sie nicht wissen will, wer sie ist. Darauf antwortet die Ärztin nur: "Ich weiß, wer ich bin."
Im Büro von Adelle unterhält sich diese mit Boyd. Boyd erzählt, dass die Eltern von Wendy, die offensichtlich gestorben ist, anonym eine Menge Geld erhalten haben. Alpha ist immer noch auf der Flucht und sie können ihn nicht ausfindig machen. Aber Adelle glaubt fest daran, dass sie ihn bald finden werden, ihr neuer "Lieferant" wird ihnen dabei helfen.
Man sieht, dass auch Ballard sich im Raum befindet und der Kommentar "noch arbeite ich nicht für sie" stellt klar, dass er der erwähnte Vertragspartner ist. Er besteht auf seine Forderungen, dass "die junge Dame" aus ihrem Vertrag entlassen werden. Da klingelt das Telefon, November trifft ein, diesmal mit ihrer originalen Persönlichkeit - Madeleine. Adelle bittet sie, einige Sachen zu unterschreiben und sie somit entlassen ist.
Echo erwacht im Programmierungsstuhl und ist wieder im Doll-Status. Bevor sie jedoch geht, legt sie Topher wortlos ihre Hand auf sein Herz.
Dr. Saunders kümmert sich um Viktor und bietet ihm hinterher einen Lolli an.
Es kehrt Ruhe im Dollhouse ein, die Dolls legen sich zur Nachtruhe hin. Während sich ihre Box schließt, sagt Echo noch ein Wort: Caroline.
